تقویت جایگاه مددکاری اجتماعی در زندان‌ها؛
تقویت و استمرار مقوله مهم روان درمانی و مشاوره در سطح زندان‌ها و سراسری کردن این امر
ارتقاء سطح تشکیلاتی و اداری و جذب نیروهای جدید؛
تأسیس و راه اندازی اردوگاه های حرفه آموزی و اشتغال
فعال نمودن بنگاه تعاون و حرفه آموزی زندان‌ها و نهادینه کردن امر خودکفایی زندان‌ها؛
اصلاح آیین نامه زندان‌ها و توجه به امور فرهنگی و آموزشی زندانیان؛
جداسازی کامل نوجوانان و اطفال از زندان‌های کشور و تأسیس کانون های اصلاح و تربیت در اکثر مراکز استان‌ها
تقویت مرکز آموزشی و پژوهشی سازمان زندان‌ها جهت تربیت کادر متخصص و نهادینه نمودن امر تحقیقات در زندان‌ها؛ و سرانجام ده ها برنامه ی دیگر
پنجمین رئیس سازمان زندان‌ها و اقدامات تامینی و تربیتی کشور را جناب آقای علی اکبر یساقی از سال ۸۳ عهده دار شد وتا شهریور۱۳۸۸در این سمت فعالیت نمود که برنامه‌های کاری خود را در شش برنامه و اولویت مدنظر قرار داد که عبارت‌اند از:
اجرایی نمودن بند ۱۴ از مصوبات مجمع تشخیص مصلحت نظام در بخش قضایی با عنوان کاهش استفاده از مجازات زندان (حبس  زدایی)
جلوگیری از ورود مواد مخدر به زندان‌ها
تفکیک و طبقه بندی زندانیان
بهبود وضعیت نیروی انسانی و آموزش کارکنان
انتقال زندان‌های فرسوده و احداث زندان‌های جدید
رعایت کرامت انسانی و حقوق شهروندی زندانیان
ششمین رئیس سازمان، غلامحسین اسماعیلی از سوی حضرت آیت ا…آملی لاریجانی از شهریور ۱۳۸۸به عنوان رئیس سازمان منصوب شد که در اردیبهشت‌ماه ۱۳۹۳ از سمت خود کنار رفت و رئیس قوه قضائیه، علی‌اصغر جهانگیر را به ریاست جدید سازمان زندان‌ها منصوب کرد. در حال حاضر مدیریت سازمان را علی‌اصغر جهانگیر برعهده دارند.
۲-۲-۶- مراکز مراقبت بعد از خروج زندانیان کشور
فلسفه وجودی، جایگاه و وظایف مراکز مراقبت بعد از خروج
از آنجایی که نگهداری، یک جرم در زندان هزینه‌های کلان اقتصادی برای جامعه بوجود می‌آورد و از آنجایی‌که تاثیر مخرب حبس بر وضعیت روانی ـ اجتماعی ـ اقتصادی و خانوادگی مجرم، موجبات مشکلات جدیدی در جامعه می‌گردد. بنا بر این وجد مراکزی جهت پیشگیری از تکرار جرم مجرمین ضرورتی انکارناپذیر است. با توجه به اینکه در دین مبین اسلام و فرمایشان ائمه اطهار به حمایت و احسان به گنهکار و مجرمین نادم توجه بسیار شده است، جایگاه این مرکز را محکم‌تر می‌سازد.
بنا به فرمایش مولی‌الموحدین حضرت علی (ع) «من احسن الکرم الاحسان الی المسی» از بهترین کرامت‌ها و نیکی‌ها احسان کردن به گهنکار (مجرم) است.
مراکز مراقبت بعد از خروج می‌بایست گام‌های موثری را در جهت خدمت به انسان و روح والای آن و بدون توجه به جرایم و سوابق کیفری بردارد تا زمینه بروز آسیب‌های اجتماعی را کاهش دهد.
در این ارتباط می‌توان به پیام نوروزی ریاست محترم سازمان زندان‌ها در سال ۱۳۷۹ اشاره نمود:
از ارکان اساسی وظایف سازمان مقوله اقدامات تامینی است که تقویت و فعال نمودن انجمن حمایت از زندانیان، کانون اصلاح و تربیت، مراکز مراقبت بعد از خروج و مددکاری می‌بایست در سال آینده با تلاش مضاعف دنبال شود و به لحاظ اهمیت موضوعات مزبور و حساسیت آنها تذکراتی را یادآوری از جمله در بخش (د) زندانیان جدای از جرم ارتکابی‌شان به عنوان یک انسان دارای حق و حقوقی هستند لذا تلاش همه ما بر این است و باید بر این باشد تا در جهت کمک به بازسازی شخصیت معنوی و استقلال مادی انسان‌های به خطا رفته و فراهم آوردن امکان یک زندگی سالم و شرافتمندانه برای آنان به عنوان یک استراتژی جامع به کاهش تکرار ضریب جرم و از بین بردن عوامل جرم‌زا در جهت نیل به اصل مهم و اساسی «سلامت اجتماعی» کمک نماییم.
مراقبت بعد از خروج به عنوان پدیده‌ای نو در عرصه اصلاح و تربیت و آخرین حلقه از سلسله اقدامات تامینی نیازمند عزمی همگانی است و دیران کل استان‌ها و ستاد سازمان برای تقویت این بخش و به منظور جلب افکار عمومی و جذب و هدایت مساعدت‌های مادی و معنوی مردم نقش اساسی خواهند داشت. بازپروری و جلوگیری از بازگشت مجدد، رفع مشکلات زندانی پس از ترخیص و آزادی و جلوگیری از هدر رفتن نیرو و هزینه‌هایی که در زندان صرف وی گردیده هدف اصلی مراکز مراقبت بعد از خروج است.
الف ـ جایگاه قانونی مراکز مراقبت بعد از خروج در سازمان زندان‌ها
در اجرای بند «ح» از ماده ۲ قانون تبدیل شورای سرپرستی زندان‌ها و اقدامات تامینی و تربیتی کشور به سازمان زندان‌ها و اقدامات تامینی و تربیتی کشور و در راستای اصلاح و تربیت زندانیان با هدف پیشگیری از وقوع جرم از طریق حمایت مادی و معنوی از زندانیان آزاد شده واجد شرایط (مددجویان) و فراهم نمودن زمینه مساعد جهت بازگشت به یک زندگی سالم اجتماعی، اداره مراقبت بعد از خروج تشکیل می‌گردد.
ب ـ اهم وظایف اداره مراقبت بعد از خروج
ایجاد زمینه لازم جهت کارآموزی، اشتغال، ازدواج، ادامه تحصیل، تامین مسکن، اعطای تسهیلات وام بانکی و نظایر آن برای مددجویان.
ارایه خدمات به مددجویان در امور آموزش، بهداشت و درمان، اجتماعی و حقوقی، فرهنگی و مذهبی و…
نظارت بر رفتار مددجویان در امور و مراحل اولیه آزادی و ارتقای سطح دانش و فرهنگ، تربیت و اعتقادات مذهبی آنان از طریق برقراری اردوهای مناسب و غیره.
جذب کمک‌های مردمی و انجمن‌ها و موسسات خیریه به منظور مساعدت در وضع مددجویان و خانواده آنان.
استفاده از پزشکان، مددکاران اجتماعی، مربیان اصلاح و تربیت، صاحبان تخصص و حرف و امثال آن.
تأسیس صندوق حمایت از مددجویان که اساسنامه آن توسط دفتر قوانین و مقررات سازمان تهیه و به تصویب رییس سازمان زندان‌ها و اقدامات تامینی و تربیتی کشور خواهد رسید.
احداث و تهیه اماکن و تاسیسات و امکانات مناسب و مورد نیاز.
مراحل شکل‌گیری مراکز مراقبت بعد از خروج در ایران
بررسی درباره انحرافات و آسیب‌های اجتماعی و بازپروری عمری بس طولانی دارد که می‌توان در تاریخ مکتوب آن را به زمان سقراط و افلاطون نسبت داد. در روایات و احادیث مذهبی ادیان مختلف و دین مبین اسلام نمونه‌های فراوانی از این دست یافت می‌شود. در متون و ادبیات مکتوب نیز فراوان از آن ذکر به میان آمده است. در وقف نامه‌ها و حمایت‌های مردمی به کرات از ایتام در راه ماندگان، دیوانگان، بیماران روانی و محبوسین آزاد شده و اسرای در بند یادی به میان آمده است.
با تصویب قانون اقدامات تامینی و تربیتی و ایجاد کانون‌های اصلاح و تربیت سخنی از مراکز مراقبت بعد از خروج به میان آمد. با تأسیس کانون اصلاح و تربیت سال ۱۳۴۷ نیاز به مرکز مراقبت بعد از خروج احساس گردید. محلی نیز در تهران، شهر زیبا جنب کانون اصلاح و تربیت برای آن پیش‌بینی نمودند. این واحد به عنوان مرکز پیگیری پس از آزادی جوانان و نوجوانان شروع به کار نمود تا اینکه دولت‌های مترقی و پویا به‌ویژه در سال‌های بعد از جنگ برای مهار بزهکاری علاوه بر اعمال قوائد و راهکارهای حقوقی و مدنی با برنامه‌ریزی برای پیشگیری از جرم اقدامات مناسبی را انجام داده و می‌دهند. بعد از پیروزی انقلاب اسلامی جسته و گریخته اقداماتی توسط مددکاران اجتماعی و سازمان‌های ذیربط بهزیستی و خدمات اجتماعی صروت پذیرفت. با اینکه در چند دره آیین‌نامه و مقررات زندان‌ها صحبت از مراکز مراقبت بعد از ترخیص به میان آده بود؛ ولی عملاً چنین مرکزی وجود خارجی نداشت جز اینکه در آیین‌نامه و اساسنامه انجمن حمایت از زندانیان (که بحث حمایت پس از آزادی مطرح گردیده) و نیز در اساسنامه قبلی بنگاه تعاون و حرفه‌آموزی زندانیان اشاره‌ای شده بود. به تدریج اهداف سازمان زندان‌ها کامل‌تر شد و علاوه بر اجرای مجازات حبس و اصلاح و تربیت، پیشگیری از تکرار جرم و بازگشت مجدد زندانیان تبیین شد.
با ایجاد مرکز آموزش و پژوهش و شورای برنامه‌ریزی سازمان نیاز به مراکز مراقبت هر چه بیشتر محسوس گردید. بنابراین با راه‌اندازی دوائر مددکاری و تدوین و تصیویب آیین‌نامه‌های مورد نیاز از سوی ریاست قوه‌قضاییه، عملاً مراکز مراقبت بعد از خروج فعالیت خود را آغاز نمودند. ایجاد مراکز مراقبت در دستور کار سازمان و ادارات کل قرار گرفت و در تهران به علت کاربری ساختمان قبلی مرکز مراقبت بعد از خروج در پاییز سال ۱۳۷۸ با اختصاص دفتری در اداره کل زندان‌های استان مرکز مراقبت بعد از خروج استان تهران شروع به فعالیت نمود. با پیگیری در مورد اخذ اطلاعات مورد نیاز از زندان‌های استان و کانون اصلاح و تربیت بنای ارایه خدمات مورد نیاز مددجویان متقاضی و معرفی شده از زندان گذاشته شد.^[۲۳]
۲-۲-۷- مجازات‌های جایگزین زندان