این موتورهای جستجو دارای نقاط ضعفی نیز می باشند که می توان به موارد زیر اشاره نمود[۷ و ۵۰]:

• در سازماندهی اختیاری منابع که روش اصلی موتورهای راهنما است، یک موتور راهنما ممکن است منابع را به گونه‌ای طبقه‌بندی کند که متفاوت از موتور راهنمای دیگر باشد. به این ترتیب نمی‌توان از یک الگوی واحد در همه موتورهای راهنما برای ارزیابی استفاده کرد.

منبع فایل کامل این پایان نامه این سایت pipaf.ir است

• انتخاب، رتبه‌بندی و طبقه‌بندی صفحات وقت‌گیر و هزینه زیادی را تحمیل می‌کند. به این ترتیب نه‌تنها نمی‌توان منابع جدید را به سرعت اضافه نمود، در نتیجه منابع بازیابی شده از موتورهای جستجو روزآمد نیستند.
• افراد با ذهینت خود در رابطه با مفید بودن یا نبودن منابع تصمیم‌گیری می‌کنند، به این ترتیب آنچه که از طرف یک نفر ممکن است مفید باشد از طرف شخص دیگر ممکن است مفید نبوده و در راهنما قرار نگیرد.
• پایگاههای اطلاعاتی آنها اندک است.
• روز آمدی آنها نسبتا دیر انجام می شود.
• پوشش کم اطلاعات موجود در وب.
• نیاز به آگاهی از ساختار سلسله مراتب موضوعی علوم.

تعداد موتورهای راهنما در مقایسه با سایر موتورهای جستجو زیاد نمی‌باشد ولی مهم ترین آن‌ها عبارتند از:

• Galaxy (http://galaxy/.Com)
• HotBot Directory (http://hotbot/. Lycos.Com)
• LookSmart (http://www/.looksmart.Com)
• Open Directory Project (http://dmoz/.Org)
• Yahoo! (http://www/.yahoo.Com)
• Google Directory (www. google.Com)

۲-۲-۳ موتورهای جستجوی مبتنی بر خزنده
در این نوع از موتورهای جستجوگر، کار جمع آوری اطلاعات بر عهده خزنده ها است. در حالت کلی زمانی که صحبت از موتور جستجو می‌شود مقصود این نوع آن است. این نوع از موتورهای جستجو در واقع به صورت هوشمند پهنه وب را پیمایش، مجموعه اسناد و پرونده ها را دریافت و رده بندی می کنند. بررسی آیتـم های مـورد جستجـو کاربران بر اسـاس شاخـص های تهیه شده صـورت می گیرد. فرآیند های دریافـت، ذخیـره، رده بنـدی و شاخص دهی بر اسـاس الگوریتـم ها و به صـورت خودکار انجـام می شود.
پایگاه داده این نوع از موتورهای جستجوگر بزرگتر از سایر انواع است و اطلاعاتی را که آنها ارائه می‌دهند معمولاً بروزتر می‌باشد. عملیات بروز رسانی و گستـرش پایگاه داده موتور جستجـوگر از یک هفتـه تا چند ماه به طول می‌انجامد. خزنده ها، هیچ گاه از کار نمی‌ایستند و به طور مداوم به جمع آوری اطلاعات مشغول هستند. ممکن است اطلاعات جمع آوری شده توسط آن ها از صفحات جدیدی باشد و یا اطلاعات بروز شده از صفحاتی باشد که قبلا هم به آنها مراجعه کرده اند[۵۰ و ۳۱].
موتورهای جستجوی مبتنی بر خزنده در مقایسه با راهنماهای موضوعی دارای پایگاههای اطلاعاتی بزرگی هستند. این نوع از موتورهای جستجو، بهترین گزینه برای جستجوهای ترکیبی محتوا/کلیدواژه هستند و اطلاعات روزآمدی را در اختیار کاربران قرار می دهد. محدودیت جستجو بر اساس تاریخ، نوع قالب، رشته و …، جستجوی حجم عظیمی از اطلاعات در مدت زمان اندک و کنترل در طول جستجو که در موارد لزوم بتوان عبارات جستجو را ترکیب نمود، را می توان از دیگر مزایای این نوع از موتورهای جستجو به شمار آورد.
موتورهای جستجوی مبتنی بر خزنده دارای معایبی نیز می باشند که می توان به مواردی از قبیل: دشواری یافتن موارد موردنـظر به دلیل نداشتن دسته بنـدی های موضوعـی، بازیابی های نامرتبـط، متفـاوت بودن تکنیک های جستجو و نمایه سازی ها در موتورهای مختلف، وجود لینکهـای مـرده به دلیل از بین رفتن برخی از آن ها اشـاره نمـود. همچنین این نوع از موتورهای جستجـو تحت تاثیر ترفندها و اسپم ها قرار می گیرند.وقتی که صحبت از تکنیک های بهینه سـازی رتبه سایت ها می‌شـود در واقع تکنیـک هایی مطرح اند که برای کار با این نـوع از موتـورهای جستجـوگر موثرند. بعضی از این موتـورهای جستجـوگـر عبارتنـد از: google , MSN, Altavista, Northemlight, wisenut, teoma و … [۵۰].
۲-۲-۳-۱ تفاوت موتورهای دایرکتوری با موتورهای مبتنی بر خزنده
موتورهای دایرکتوری یا راهنما یک تفاوت اساسی با موتورهای جستجوی مبتنی بر خزنده دارند و آن به‌کارگیری عنصر انسانی در جمع‌آوری، ذخیره و نگهداری اطلاعات می‌باشد. راهنماها توسط افراد متخصص خلق و نگهداری می‌شوند و در حالیکه موتورهای جستجو نمایه‌سازی را به صورت خودکار و توسط نرم‌افزارهایی انجام می‌دهند.
علاوه بر این راهنماها از خود نمایه مستقلی ندارند و فقط از طریق پیوندها به جایگاه و یا مدرک موردنظر وصل می‌شوند، به همین علت گاه برخی از این پیوندها به منابعی که دیگر موجود نیستند ختم می‌شوند، در مقابل موتورهای جستجو از خود نمایه مستقل دارند و منابعی را که بعد از جستجو بازیابی می‌کنند در خود دارند و از این دیدگاه بر راهنماها برتری دارند[۵۰ و ۳۱].
۲-۲-۴ موتورهای جستجوی ترکیبی
تلفیق سیستـم فهرست غنـی و یک موتور جستجـو، جستجـوگرهای مختلـط را به وجـود می آورد که دقیـق ترین و کامل ترین پاسـخ را برای کاربران فراهم می کنـد. تلفیق این دو که فـهرست ها را زیـر و رو می کند و کاربر را به زیر شاخه مورد نظرش می رساند بسیار مطلوب است.
غالباً، یک موتور جستوی ترکیبی در صورت نمایش نتیجه جستجو از هر یک از دسته های فوق، نتایج حاصل از دسته دیگر را هم مورد توجه قرار می دهد. مثلاً موتور جستجوی ام اس ان بیشتر نتایج حاصل از فهرستهای تکمیل دستی را نشان می دهد اما در کنار آن نیم نگاهی هم به نتایج حاصل از جستجوی پیمایشی دارد[۱ و ۲].
یاهو نمونه یک راهنما با موتور جستجو است .مثلاً در جستجوی آموزش و پرورش دسته بندی های مختلفی وجود دارد همچون :

• Conferences (27)
• Institutes (47)
• Journals (11)
• Online Teaching and Learning (162)